Les projets d’agrandissement du canal de Panama n’incluent pas de mesures supportant véritablement les efforts de restauration du réseau écologique panaméricain.
Plus de 197 000 mètres cubes d’eau, provenant du lac Gatún, sont déversés dans la mer à chaque fois qu’un navire passe dans le canal. Même avant l’ouverture du canal élargi, le lac connaissait des difficultés d’approvisionnement dues en grande partie à la déforestation et aux précipitations annuelles de moins en moins abondantes.
La forêt tropicale jouait traditionnellement un rôle tampon en absorbant et relâchant progressivement de l’eau propre dans le lac. Mais avec une végétation maintenant réduite, la pluie s’écoule plus rapidement et amène des torrents de boue qui envasent le lac.
De plus, les navires et l’entretien des installations sont responsables de pollutions sévères. La déforestation des abords du canal, les curages et l’utilisation toujours plus fréquente des écluses, remettent en suspension des sédiments qui rendent l’eau de la mer plus turbide et toxique.